魔法使芙莉莲与勇者辛美尔等人在长达10年的冒险中打败了魔王,给世界带来了和平。作为一个活了一千多年的精灵,芙莉莲约定将与辛美尔等人再会,自己则先独自旅行。五十年后,芙莉莲拜访了辛美尔,但辛美尔已经老了,生命已所剩无几。之后,芙莉莲目睹了辛美尔的死亡,她也猛地意识到自己从未“了解人类,并后悔不已,因此她踏上了为了了解人类而进行的旅途。在那段旅途中,她遇见了各种各样的人,经历了各种各样的事……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。