物語は新たなステージへ──『POP IN ２』のリリースから半年。ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。一方で、かなは以前の明るさを失っていた。そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。────嘘を、武器にして。
2015年12月30日，宇宙探索船Luxion船长，高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员，并为之奋斗。 6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！ 伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？
名门木叶学院转入一个神秘的转校生漩涡鸣人，就此一段忍者们的校园生活展开了。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
碧海蓝天、安逸舒适的港口城市杜王町，在过去三年里相继发生离奇诡异的死亡事件。一时间天堂变成地狱，人人自危。废柴男生广濑康一（神木隆之介 饰）上学路上遭到不良少年刁难，不过却由此结识了同班同学东方仗助（山崎贤人 饰）。留着飞机头的东方仗助拥有神秘的“替身”，这让他和他人截然不同。他通过“替身”制止了一场便利店抢劫案，结果反被连续杀人事件的制造者安杰洛——片桐安十郎（山田孝之 饰）盯上。不久后，名叫空条承太郎（伊势谷友介 饰）的男子来到杜王町，东方由此知道了自己的身世。与此同时，名叫虹村形兆（冈田将生 饰）且拥有替身能力的男人露出了他的爪牙，一场大战在所难免…… 本片根据荒木飞吕彦的同名漫画改编。
