1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧,五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾,一路无视特生自卫队的攻击来到了品川,令城市变成了一片火海。面对如此情景,五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉,机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
人迹罕至的森林中,四个乘舟沿河漂流的年轻人被一名畸形的食人猎手袭击,食人狂用弓箭和陷阱将他们猎杀殆尽,只有一名名叫爱丽丝(Janet Montgomery 饰)的姑娘侥幸逃脱。几乎与此同时,西弗吉尼亚州的葛夫顿监狱中,狱警尼特(Tom Frederic 饰)和搭档接到了一项任务:将墨西哥裔犯人查韦斯(Tamer Hassan 饰)等人转移到另一所监狱。为了防止查韦斯的同伙于路劫车,监狱安排卧底乔装成犯人与查韦斯同行,然而意外还是发生了,囚车在荒凉的山路上被食人狂驾驶的车子撞下悬崖…… 囚犯们夺走枪支反客为主,尼特因为熟悉地形而担任向导,大难不死的爱丽丝出现在这支混合囚犯与狱警的队伍前面,她带来了食人狂的信息,夜色深锁的密林中,疯狂而又漫长的一夜刚刚才开始……
本片是《从地心窜出》系列的前传,前三集中肆虐人间的巨型怪物最早出现在此,位于内华达的一座盛产银矿的小镇,由于矿工纷纷离奇死亡,很快就成为空城,具有贵族身分的加默拥有当地的采矿权,雇用了外籍佣兵凯利来和这群怪物打交道,以免断了自己的财路,不过在镇上肆虐 的并非人类,加默和镇上幸存的镇民必须全副武装,以和这些巨型怪物開始了正面对决...