骊珠洞天破碎，少年陈平安肩负重任，护送李宝瓶等人前往大隋求学。路途凶险万分，既有大骊铁骑追杀，也有精怪鬼魅环伺。前有神秘剑客阿良现身相助，后有文圣，崔诚等人悉数登场。少年郎行万里路，挥百万拳，肩头既有草长莺飞也有责任使命。人间山水郎，踏上了他的成长征途。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
艾伦为了毁灭世界，发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻，摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克，以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦，展开了最后的战斗。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
