故事以江户时代后期为舞台,最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面,与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛,找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放,并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。