自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
哪都通公司表面上是一家快递公司,实际上是国内管理异人的秘密组织,担负着维持异人和正常社会平衡的重任。然而陆南区的临时工陈朵杀死了负责人并叛逃。哪都通总部下达命令,六大区临时工联手追捕陈朵……为了保住冯宝宝的临时工身份,张楚岚、冯宝宝以及其他哪都通临时工共同前往碧游村执行任务。