元朝末年，群雄纷起，武林动荡。江湖传闻，得到屠龙刀倚天剑者，可以成为武林至尊，号令天下，莫敢不从。一时间风云四起，引发了武林中对屠龙刀倚天剑的争夺，几段姻缘和孽缘也由此产生。武当派张翠山与天鹰教殷素素因屠龙刀相遇相恋，最后亦因屠龙刀被正派人士所逼迫，双双自尽。他们的儿子张无忌长大成人后，机缘巧合下练成了绝世武功“九阳神功”和“乾坤大挪移”，成为了明教教主。张无忌与元朝郡主赵敏、峨嵋派周芷若、表妹殷离和婢女小昭都有着千丝万缕的爱意。然而，看似柔弱的周芷若，却是个十足的“腹黑女”，她为了获取倚天剑屠龙刀的秘密，不惜杀害殷离，陷害赵敏。张无忌虽看清了周芷若真实面目，但仍割舍不下她。其后，张无忌化解了武林种种恩怨，辞去教主之位，与赵敏寄迹蒙古。
故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系再次跌落到了冰点。 古斯塔沃死了，但沃尔特的野心并没有消失，他联手杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）与麦克（乔纳森·班克斯 Jonathan Banks 饰），开始建立属于他的新的帝国。一次偶然中，汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）在沃尔特家中发现了沃尔特就是海森堡的确凿证据，巨大的打击之下，他决心大义灭亲，昔日的连襟，如今沦为对手。与此同时，一股新的势力正在毒品圈内逐渐壮大，他们即将成为汉克最强大的敌人。
该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
张翠山和殷素素因无意中卷入了屠龙刀的纷争，被迫流落到极北大洋的荒岛，并在那里生下了一个儿子，取名为无忌。他们与金毛狮王谢逊一同度过了几年在荒岛上的平静生活。但当无忌九岁时，随着父母回到中土，他们却被江湖人士追杀。父母为了保护谢逊和屠龙宝刀的下落，选择了自刎身亡。无忌自己则因受到玄冥神掌的伤害，寒毒入侵体内，面临生死存亡的挑战。 尽管经历了这一切，无忌却泰然处之，不为父母报仇，也不畏惧死亡。他从十二岁开始在蝴蝶谷求医，到十四岁出谷，虽然经历了不少江湖风浪，但依然过得自由自在。直到十四岁时，他护送杨不悔去昆仑山寻找父亲，才真正踏入了江湖之中。在江湖中，无忌历经千辛万苦，曾救治过许多武林人士，却也遭受了背叛和恩将仇报的伤害。尽管他经历了种种挫折，但他依然坚强勇敢。在一次意外中，他进入了一个群山环抱的翠谷，成为了一个世外桃源。在那里，他意外获得了失传已久的武功秘籍《九阳真经》。
