若竹玛丽离开祖母,进入了海边的全寄宿制名门女校就读,在去学校的途中,她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。 这两人的相遇是偶然还是必然?互相对抗却又互相吸引的两个人,他们的心渐渐重叠在一起……
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。
东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出,孤身奋战击败了怪兽,得到赛特队重视,成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中,献出了生命,这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎,东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。