本剧改编自作者横山光辉同名漫画,故事讲述当织田信长的天下统一大业近在眼前时,琵琶湖畔以南蔓延着一个名为《金目教》的诡异宗教。据说不信此教者会遭受可怕的诅咒——。为暗中调查《金目教》的真相,信长决定委托《假面忍者》出马……一名以忍者身份隐于暗处的青年(佐藤大树),最终化身为“假面忍者·赤影”。
故事发生在民国初年,霍家和赵家是当今武林界内的两大巨头,一直在为了谁才是秘宗拳的正宗的问题争得面红耳赤。霍元甲(黄元申 饰)是霍家的四子,人们都不看好从小就体弱多病的他,亦不准备传授他武功,然而,悟性极高的霍元甲居然自行悟出了迷踪拳,并在两家人约定比武的当天使出迷踪拳,打败了对手程天啸,哪知道程天啸受到了巨大的打击,竟然撒手人寰,他的徒弟陈真(梁小龙 饰)为了替师傅报仇,拜了霍元甲为师,伺机而动。 一行人来到了天津,武功高强的霍元甲很快就吸引了日本人的注意,遭到了追杀,他们只能带着倩男(米雪 饰)逃往北京,设立了精武门。