故事的背景设定在明朝建文四年，朱棣发动靖难之役攻占帝都应天。在这场动乱中，御史大夫景清和他的妻子罹难，他们的两个女儿，若微（汤唯 饰）和蔓茵分别被不同的人所救。若微由副将孙愚救出，蔓茵则由太子朱高炽所救。这两个姐妹命运迥异，一个成长于宫廷，一个则在江湖中度过童年和少女时期。十年后，若微参与了一次刺杀朱棣的行动，虽然刺杀未遂，但与朱棣的皇太孙朱瞻基（朱亚文 饰）结下了因缘。这个年轻的皇太孙与若微之间的关系在后续发展中显得复杂而动人。 若微和蔓茵最终同时进入宫中嫁给了不同的皇子，目睹了大明王朝从动荡中恢复的过程。她们见证了国家平定关外，迁都北京，修建运河，郑和下西洋，扬威海外，以及编纂《永乐大典》等一系列重要事件，预示着明朝盛世的来临。若微在丈夫朱瞻基登基后，决心放弃个人的执念，助其守护江山。她经历了北京保卫战等重大事件，在丈夫去世前发誓要继续守护大明王朝，最终在历史上留下了辉煌而壮丽的一笔。
故事紧接着上一季，金钱的紧缺和癌症的侵袭都不再是沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）将要面对的难解问题了，家庭的濒临破碎才是让沃尔特感到心痛的真正原因所在。由于妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）坚定的离婚决心，沃尔特从家中搬出，搬入了新的居所，这也为他和大毒枭古斯（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰）之间的合作创造了有利的条件。 为了替死去的图可（雷蒙德·克鲁兹 Raymond Cruz 饰）报仇，两位冷面杀手找到了汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰），激烈的交锋后，汉克身负重伤。面对着逐渐失控的一切，沃尔特感到了前所未有的危机，尤其是他的新搭档盖尔（大卫·科斯塔贝尔 David Costabile 饰），沃尔特明白，一旦盖尔掌握了他独创的制毒技术，自己将很快被古斯除掉。
洪七公（魏骏杰 饰）原是含着金汤匙出生的富家子弟，然而不满丰衣足食之生活，喜欢四海结交好友，更同丐帮众人交往甚密。丐帮表面平和，内里却分为“净衣”和“污衣”两派，两派之间斗争日益激烈，洪七因爱上了净衣派长老的女儿程雪芯（黄晓燕 饰）而被卷入了斗争之中。 段智兴（郑伊健 饰）从小和母亲相依为命，长大后，受母亲所托，他千里迢迢来到云南，只为了寻找生父段王爷。然而，段王爷的弟弟策划了一个阴谋，使得段智兴的母亲最终为救段王爷而命丧黄泉，段智兴因此记恨父亲。洪七公和段智兴是结识多年的好友，彼此之间结下了坚实的友谊，之后却因为《武穆遗书》和奸人挑拨而产生误会，反目成仇。
