东国少年“梵天”执行秘密任务，来到中原国，遇到海难失去部分记忆。梵天被腿疾少女“公良潸”所救。梵天为报答救命之恩，答应“虹引”师太的请求，带潸儿和镇观奇书，下山寻找书中记载的仙岛，医治潸儿的腿疾，途径环翠湾。中原武将“李茂”受太后之命，前往环翠湾寻找皇帝下落。众人历经险阻最终齐聚环翠湾，梵天终于恢复记忆，在旅途中偶然获得的几样秘宝。令他距离成为天下最具权势之人，仅一步之遥。
第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。
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