五超人在执行任务中,意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码,在调查过程中,超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题,踏上了寻找真相之路,五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来,五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石,并试图将超人改造成为自己的武器,从而称霸宇宙。超人们得知真相后,合力摧毁了五金公司,解决了宇宙的危机。
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第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。