本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
故事发生在宁静的山村小镇中，个性有些害羞的少年桐岛青大（细谷佳正 配音）就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好，但对于青大来说，依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海（早见沙织 配音）的少女，她的身影总是不经意的出现在青大的视线中，而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希（中岛爱 配音）的出现打乱了青大的生活节奏，这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中，青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外，还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马，加贺月（高野菜菜 配音）的开朗性格显得格外富有魅力，徘徊在三个女孩子们中间，青大究竟该如何选择呢？
魔戒骑士冴岛雷牙。雷牙作为接受指令的守护者每天进行恐怖狩猎。希望成为人的力量的茧利，在雷牙下每天培育花。两人过着平静的日常生活，某个满月之夜，两人面前出现了一个戴着白色面具的男子白孔。白孔之剑袭击雷牙。激突的剑将火花四溅！由于白孔的术而在黑暗中徘徊的茧利。雷牙追着茧利乘上了不可思议的列车。火车的汽笛撕裂黑夜。继承黄金骑士加罗称号的冴岛雷牙的新的、以及壮烈的考验开始了——。
东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌…… 本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版，票房总收入超过90亿日元。
