琴浦小姐琴浦さん

　　“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。
　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。
　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。
　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

　　故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。
　　高槻手纲（齐藤壮马 配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇 配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。

　　在遥远的未来。存在于「银河NEUE」的塞尔达尔行星上，作为与另一银河「银河EDEN」德兰士瓦行星的友好关系的象征，有一个德兰士瓦市。那里有一个由德兰士瓦军设立，五名女性所组成的特殊部队，圣歌天使队。精锐的圣歌天使队驾驶着被称为纹章机的战斗机，在广大的宇宙这一舞台内大活跃！

　　全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。
　　在远东岛国日本，与卡巴内的威胁对抗，并在穿越前线、被厚重装甲覆盖的蒸汽机车（通称骏城）之一的甲铁城上生还的生驹等人，在卡巴内与人的攻防战地、面向日本海的废弃驿“海门”，与玄路、虎落、海门的人民组成“联合军”，谋划着击退卡巴内的策略。
　　此时，生驹发现海门一带的卡巴内拥有受到统领、集团行动的特征。生驹将此事报告给联合军，但却不被理会，反而因为自己是卡巴内利的缘故而遭到联合军的虐待。因愤怒而失去冷静的生驹决定独自深入敌境。
　　另一方面，无名开始对一直以来支持着自己的生驹产生了与之前有所不同的感情。但就在此时，她得知了生驹打算独自深入敌境的消息——。
　　与新的卡巴内的战斗，以及无名和生驹的命运将会——！？

　　为了变得更强而正在旅行的少年钢银河，在偶然的机会下帮助并认识了同样热爱战斗陀螺的小学生汤宫健太。此后两人以战斗陀螺为缘由不断认识着更多的朋友与敌人，共同体验着陀螺对战带来的各种乐趣与磨练，并逐渐成长起来。