当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务…
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
濑名泉水（代永翼 配音）出身于演艺世家，父母和哥哥都是当红的明星艺人，唯独泉水是个普通大学生，而且还是个梦想成为漫画家的个性内向阴沉的宅男。他的这种性格，源自十年前的一次广告拍摄，泉水临时被安排出演女花童角色，当时的搭档是出演男花童的一条龙马（江口拓也 配音）。拍摄上出现的失败让泉水从此惧怕演艺圈，而与之相反的是，一条龙马在演艺道路上顺风顺水，成为了炙手可热的偶像明星，而他却一直单相思着那一个爱哭的小小女花童。 十年后泉水再次接到广告邀请，搭档仍是一条龙马。本想拒绝的泉水在家人的威逼利诱下再次女装上阵。十年后的重逢，让龙马十分兴奋惊喜，他甚至在拍摄结束后向“泉水小姐”表白，却发现，自己魂牵梦萦了十年的泉水竟然是男人？
