光盟与影盟战火因“捍世号”暂歇,影盟迅星移为寻和平偶像卷入黑帮火拼,意外获上古星盘后瘫痪。遭觊觎者围攻时被光盟卧底带往光辉地区,发现“捍世号”后得叱风云授武器之法。百万王遇刺后,叱风云遭围攻击退敌人,命迅星移寻上古武器持有者,其失踪老师现身欲揭颠覆秘密。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。