在大城市过关五光十色生活的嘟嘟和哈哈，放暑假的时候被父母托付给住在城市边缘审核或的奶奶家。虽然奶奶很喜欢他们，但面对陌生、无聊的环境，他们产生了回家的念头。无意中闯入封存已久的地下室，遇见了猫公主小月，慌乱中嘟嘟、哈哈帮助小月顺利解决了困难，小月请他们吃冰淇淋感谢他们。第二天，嘟嘟和哈哈好不容易等到天亮，又偷偷走到地下室，看见梦想中的小月，他们欢喜雀跃地知道了昨天的一切都是真的。所有的故事也将由此展开……
蓝、法二人受到大长老指点，前往神秘的“生命绿海”快速提升等级。为了给父母报仇两人整理心情出发了。在这段艰辛的海上旅途中，他们看到了从未见过的神澜奇观，并感受到人族命运的不易。当他们终于来到生命绿海时，却遇到了这里的统治者——“绿海族”。蓝法二人在这里遇到了新的麻烦，但他们用正直感动了绿海族长老。长老请求蓝法二人帮助绿海族化解来自地下的危机，两人接下猎杀吞蚁的任务深入地下世界。猎杀过程中，两人碰巧混入了吞蚁族之主“红宝女皇”冲击十二阶的神级仪式。这时“无双珠”突然显现，吸收了“红宝女皇”晋升所需的心脏，“红宝女皇”便开始追杀蓝法二人，意图寻回这颗强大的心脏。蓝法二人面对这样的神级强者，只能一路逃跑，从地下世界逃回碧天岛。在追杀之路中两人奋力反抗，但还是险些被红宝女皇抓住，幸好遇到了掌管蓝海的“海巨帝”帮忙解围。两人决定前往更多高手云集可以自保的地域——...
古い街並みと、多くの自然の残る地方都市。実は、この街（ワンダーランド）を維持しているのは、魔法世界リルムから来ている管理者である「魔法少女」であった。「管理者」である魔法少女の特権は、新しい世界を作り出せること。しかし、今の管理者である魔法少女アニエス・ベル（浅羽嬉子）は、それを良しとせず、母から受け継いだ「古い世界」を維持していたのだった。 魔法少女は、人を好きになり「キス」をする事で、魔法の力を失ってしまう。嬉子は、27歳という年齢でありながら魔法少女であり続けるために、結婚した旦那である浅羽保とのキスを拒み、すれ違いから別居しているのだった。 主人公である神楽巽は、大学の陸上部に所属していたが、怪我のため就職することになり、嬉子の家に下宿することになる。その頃、魔法世界からも、新しい管理者候補として、クルージェ（紅さやか）がやって来るのだった。巽に恋したクルージェは、ちょっと大人な姿に変身し、巽に心を開いていく。 業を煮やした魔法世界リルムの評議会は、古い世界から「新しい世界」へ強制的に移行させようと、嬉子の指輪を奪おうと画策するのであった。 街が消えるという事は、その街にいる「大切な人」も消えてしまう…。 浅羽と嬉子、アニエスと巽、巽とクルージェ…。それぞれの恋愛感情が交錯しながら、ゆっくりと少しずつ、物語は加速していく…。
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TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
