故事发生在一个幻想中的武侠世界，这个世界普通人可以通过不断习武修练内功，激发自身精神与身体上的潜能。故事主人公林辰，是一个出身平凡，追求习武巅峰的普通武者。他在遭遇不公对待后，愤怒之下触发自身精神上的潜能，进入了类似量子效应的“心觉”状态，却也因此目睹了家人在未来即将遭遇可怕的危险。因此，为了保护家人、爱人免遭致命侵害，以及调查父亲失踪谜案，林辰以一份神秘的名单为线索，追寻这一切背后的真相，并与邪派势力展开曲折艰险的斗争，谱写出一段可歌可泣的传奇故事。
故事发生在二十一世纪初始，日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下，柳生宗朗（平川大辅 配音）家中世代经营道场，宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子，但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸，不仅道场面临关门大吉的命运，宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。 就在命悬一线之时，一位名为柳生十兵卫（悠木碧 配音）的红发少女突然从天而降击退了敌方，之后，柳生义仙（水原薰 配音）、真田幸村（钉宫理惠 配音）、后藤又兵卫（小林优 配音）等一干武江少女接二连三的出现在了宗朗的身边。
被杀了。果然又被杀了。追月朔也是一位半吊子的高中生侦探，有一个被称为“传说中的名侦探”的父亲。今天本应也该接受委托，然后兴致勃勃地去做一些找猫、或是调查外遇之类的平凡的工作，不知为何他却被杀人事件卷入。而且“被害者”居然是自己！？多亏特殊体质每次都能重生的朔也，用膝枕迎接他的则是优秀的助手莉莉提亚。「您又被杀了呢，侦探大人。」「......似乎是呢。」作为侦探，以及作为受害者，朔也如字面意思，搏命解决了无数的疑难案件。
东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌…… 本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版，票房总收入超过90亿日元。
