三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
大一新生周小安戴上一枚来历不明的古代戒指，旋即一个恐怖的魔人从他口中跃出，他的命运也因此而发生了改变。 一段人类历史上的惊天秘密在他眼前缓慢揭开——自称是商王帝辛的血魔人；以人心为食物的不死尸族；自称与尸族为敌却同样可疑的天虚宫道人；充满奇异怪物却可能隐藏着人类诞生起源之谜的神迹；身上有诡异图案的神秘不死少女江玄燕……
由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机，志郎舍命相救，被机关所伤而奄奄一息，为了救他一命，1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
