幕末の動乱期に“人斬り抜刀斎”と恐れられた維新志士・緋村剣心は、逆刃刀を手に不殺を誓い、流浪人として新しい時代を生きていた。明治十一年五月十四日、“維新三傑”大久保利通が暗殺される。時代を再び動かす事件の背後には、明治政府転覆を企てる志々雄真実の暗躍があった。剣心は“人斬り抜刀斎”の後継者でもあった志々雄を止めるため、神谷薫に別れを告げ京都へ旅立つ。薫たちとの別れ、そして新たな出会いさらには、志々雄一派との戦い己の因縁と不殺の誓いとの間で揺れる剣心幾多の想いが集う明治剣客浪漫譚、第二章開幕――!