在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
故事发生在一片虚构的大陆之中，曾经，五个迥然不同的种族和谐的生活在这片广袤的土地之上，然而，圣战爆发了，女神族、妖精族、巨人族和人族结盟，封印了代表着邪恶的魔神族。一晃眼多年过去，里昂尼丝王国的国王预言圣战即将再度发生，圣骑士们开始加紧训练，以备不时之需，哪知道，圣骑士发动了起义囚禁了国王掌控了国家大权，人民至此开始了水生火热之中的生活。 第三公主伊莉莎白（雨宫天 配音）挺身而出决心拯救国家，她想到了最强骑士团七大罪，于是踏上了寻找这七名恶人的旅途。一次偶然中，身陷险境的伊莉莎白遇见了名为梅利奥达斯（梶裕贵 配音）的金发少年，他不是别人，正是七大罪的团长。
经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。 赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活……
第三季度围围绕乱世出英雄，来讲述每个已经成熟了的雄兵连战士的英雄故事
茶居屋里、代官的儿子和随从正在欺负客人，这时候进来一位全身充满野兽气息的流浪武士。在茶居屋工作的风被故意拌倒、茶泼到随从的身上，代官儿子正要砍掉风的手指的时候被无幻救下。另一方面、仁看不惯代官恶意欺压乡民，教训了代官一顿。其后仁在茶居屋碰到正在教训代官儿子的无幻，被无幻当作代官的手下高手而对打了起来。在一阵激烈的打斗后两人不分上下，这时茶居屋被人放火、无幻和仁在火中继续打斗直到失去意识。 两人醒来的时候、已经被代官抓住，两人被施加酷刑并定在次日被斩首。晚上风想办法去救他们，但是由於钥匙被不小心弄断了而失败。第二天行刑时、无幻和仁挣脱捆绑杀了代官，但是在重重包围下渐渐体力不支。风适时的利用烟火成功帮助两人逃脱。 刚逃出重围的无幻和仁准备分个高低但被风阻止。在投硬币后无幻和仁不得不陪风去寻找“有向日葵味道的武士”，三人的旅程至此开始。
