柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
《炼气练了3000年》最新PV发布！纵是气海无限，也终会凝气化元！总有一天我会进阶成功，御剑归来！炼气练了3000年动画
主角·麻生胜是望月博士的助手，由于望月博士正在研制NEO生命体·ZO，麻生胜不幸成为了NEO生命体的实验品，望月博士将蟥虫的因子注入了麻生胜体内！之后麻生胜逃离了研究所，由于不能接受自己的身体所以一直沉睡在深山…… 一天，他突然感觉到望月博士的感应而醒了，原来博士他以改造了一只NEO生命体·杜拉斯，杜拉斯有着比ZO更强大的力量，而且拥有用自己身体的一部分来制作怪人的能力！ 另一方面，杜拉斯正准备捉拿望月博士的儿子·望月宏，皆因博士对宏的爱多于自己，从而使杜拉斯嫉妒不已。但幸运的是，ZO正好出现，并救了宏，与NEO生命体·杜拉斯的连翻激斗也由此开始！
