前作的结尾中，以背对镜头、马尾辫的身影登场预告的速水，此次终于正式参战。在第二季中，以速水所属的关东最大极道组织“无双山一家”为中心，牵连上洛毛等“离散之月”，以及宿敌野江谷率领的“月晕组”，两方的对立从北九州扩大到席卷全日本的大规模抗争。与警方的对立愈发激化，甚至连神秘组织也开始暗中行动，事态发展成连死者不断出现的地狱般景象。无论是格斗场面还是枪战动作等，一切都全面升级，更加激烈的抗争场面亦是本作的看点之一。
任职惩教署多年的马虎（刘丹 饰）退休后搬回与儿子同住，因马虎仍沿用看守监犯的法则管治家庭及各人，令小儿子马壮（黎诺懿 饰）回家犹如坐牢，就连他在律师楼的工作也经常受老爸干涉，两父子争拗日多，夹在中间的二哥马强（徐荣 饰）和妻子劳丽嫦（林漪娸 饰）除了经常充当调解者，更要背负抚养大哥遗下一对子女的重担，加上一个十三点的姑姐马柔（郭少芸 饰）；马家三代同堂，因着不同的际遇、经历及价值观，令原来温馨的小家庭里埋伏着莫名的芥蒂，到底用什么才可真正填补各人心中的罅隙……
一年前，北方小城晨苍发生了一起仇杀案，凶手秦虹潜逃；一年后，警方在南方“发现”秦虹时，秦虹已被男友马伟成抛尸大海，尸骨无存。这是一起人证、物证俱全，凶手甚至已经交代犯罪事实的案件，但消失无踪的尸体让主管刑警刘望惴惴不安，不经疑问“秦虹真的死了吗？”
小贤（陈赫 饰）和一菲（娄艺潇 饰）的事业都开始走上正轨，但互相之间的感情依然磕磕绊绊。而子乔（孙艺洲 饰）和美嘉（李金铭 饰）之间虽然做回了男女朋友，但吕子乔的花心本性并不改，貌似还是喜欢去泡妞，着实让美嘉头疼。关谷（王传君 饰）的事业蒸蒸日上，但是和悠悠（邓家佳 饰）之间也还是偶有嫌隙。展博（金世佳 饰）对于宛瑜依旧难以忘怀，但也重新开始寻找新的伴侣。张伟（李佳航 饰）的事业终于迎来春天，即将结婚，并且回到了爱情公寓。大家在爱情公寓里一起经过了那么多年，那么多事，每一个人都开始渐渐明白自己的生活方向和彼此在自己心中的位置。不仅仅有相互之间的调侃、戏谑、捉弄，也更多了份相互鼓励、帮助、扶持。有美好，有欢笑；有失落，有惆怅；有努力，有奋斗，爱情公寓一如既往的见证了大家的青春与成长，无论是一菲、小贤、关谷、悠悠、子乔、美嘉、益达还是展博，大家的故事...
