该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
主人公吴邪（侯明昊 饰）身为老九门吴家后人，从机关重重的战国墓“七星鲁王宫”九死一生逃出生天后，回到家中发现三叔吴三省（姚橹 饰）失踪，还牵扯出十几年前的一桩考古队谜案。吴邪接到神秘的阿宁来信，为找到三叔，他前去西沙明代沉船葬海底墓寻找线索，遇到自七星鲁王宫分别的王胖子（张博宇 饰），还发现神秘古物蛇眉铜鱼，以及失忆的张起灵（成毅 饰），而小哥来到西沙海底墓似乎还另有原因。在潜入神秘的明代船墓过程，遭遇海猴子、禁婆等怪物的攻击，最终突破奇门遁甲的层层机关返回陆地。然而蛇眉铜鱼、六角铜铃的线索又将他们指引到秦岭，去探寻巨大青铜树的秘密。
子夜归
1942年3月19日傍晚，一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。 笃信者此次携带的是此次轰炸东京的全部绝密计划，与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码，一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！ 笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。日军对岛屿实施了严密的封锁，派人上岛营救几乎是天方夜谭。面对这个不可能完成的任务，军事情报部门不得不启动了一支长期静默的情报组，唤醒了驻扎日本的情报员伐木工----
