主人公吴邪（侯明昊 饰）身为老九门吴家后人，从机关重重的战国墓“七星鲁王宫”九死一生逃出生天后，回到家中发现三叔吴三省（姚橹 饰）失踪，还牵扯出十几年前的一桩考古队谜案。吴邪接到神秘的阿宁来信，为找到三叔，他前去西沙明代沉船葬海底墓寻找线索，遇到自七星鲁王宫分别的王胖子（张博宇 饰），还发现神秘古物蛇眉铜鱼，以及失忆的张起灵（成毅 饰），而小哥来到西沙海底墓似乎还另有原因。在潜入神秘的明代船墓过程，遭遇海猴子、禁婆等怪物的攻击，最终突破奇门遁甲的层层机关返回陆地。然而蛇眉铜鱼、六角铜铃的线索又将他们指引到秦岭，去探寻巨大青铜树的秘密。
麦克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）和哥哥林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）自从母亲去世、父亲失踪后就相依为命。林肯虽然是个街头混混，但他为了弟弟能顺利完成学业，出人头地，瞒着他向高利贷借了9万美金，骗迈克说那是母亲的保 险。迈克凭着这笔钱顺利成为了一名建筑结构工程师，并踏入了上流社会。而林肯为了还高利贷，无奈之下答应了一名陌生男子的要求，去枪杀一个人。当林肯按照计划来到停车场时，发现他的目标已经中枪死亡了，慌乱之下林肯跑回了家。警察很快就在林肯家里捉住了他，无辜的林肯这时才发现一切证据都指向自己。麦克终于在好友那里得知了哥哥为自己所做的一切，他十分后悔当时自己对哥哥的傲慢，经过调查，麦克相信哥哥是被人陷害的，而陷害他的可能牵涉到幕后的政府高官！眼看各种办法都无法帮哥哥洗脱罪名，麦克记起自己以前曾经接过关押林肯的狐狸河监狱的改造工程，他有那里的整套图纸，于是，麦克通过一年时间的精心准备后，故意犯案进入了狐狸河监狱，他要凭借自己的力量将被判了死刑的林肯顺利救走……
高等法院暂委法官言惠知（佘诗曼 饰）正值事业高峰，但一宗案件令她人生逆转。为阻止社会出现更多“恶魔少年”，言官不惜放弃前途，主动降职担任少年法庭的裁判官。面对一宗又一宗严重的少年案件，她择善固执，坚持正义，也要救赎这些脱轨少年的人生。
武当首席大弟子的卓一航，与熊廷弼手下大将岳鸣珂在宫廷联手阻止了一场宫廷政变后，一齐誓为国效命，铲除阉党，却无心担任武当掌门，在黄龙洞初遇绿林女侠练霓裳，自此互生爱意。铁珊瑚偶然偷习得练霓裳的天山剑法，找练霓裳比武，后因金独异和红花鬼母抢走剑谱，被父亲铁飞龙逐出家门。在父女俩分头找回剑谱的途中，铁飞龙与练霓裳结义父女，铁珊瑚多次得岳鸣珂相救，欲托芳心，而岳鸣珂生性木讷，一心效忠国事。之后在少林住持的帮助下夺回剑谱，金独异和红花鬼母也在与练霓裳的较量中双双毙命，而铁珊瑚在岳鸣珂与慕容冲的恶斗中，死于慕容冲掌下。最终慕容冲死于铁飞龙掌下，岳鸣珂剃度出家。卓一航师弟耿绍南为夺取武当掌门，并报练霓裳毁容之仇，屡次设毒计，使武当与练霓裳误会加深，最终在与魏忠贤手下大将慕容冲联合围攻明月寨时，命丧练霓裳之手。卓一航迫于师命，优柔寡断，举棋不定，练霓裳心灰意冷，早生华发，独隐深山。
这一季对应原著小说第九部和第十部，主人公乌特雷德将夺回祖传领地——贝班堡。
