《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。 本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
幸存者们发现岛上存在神秘建筑入口，在杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）的带领下进行探索，强制进入舱门后，发现里面竟然有人，且是杰克曾经在现实中有过一面之缘的戴斯蒙德（亨利·伊恩·库斯科 Henry Ian Cusick 饰），如同看到救星一般，戴斯蒙德留下一串数字密码便跑掉了，而杰克一行则需要接替他的任务——每隔108分钟输入密码以关掉警报。在舱门中，幸存者们找到充足食物，也由一卷录影带了解到这座孤岛的背景，似乎和某个失败的实验有关。另一方面，扎起竹筏试图离开岛屿的迈克尔（哈罗·佩里纽 Harold Perrineau 饰）等人并没有成功驶向深海，而是被潮水带到岛的另一边，发现还有一群机尾的幸存者，他们挟持着迈克尔等人慢慢向营地靠近……
故事发生在1940年的关东山，老抗联战士燕彪为了保护被日本人追杀的大侠步鹰（马精武 饰），惨遭敌人灭门，他的儿子燕双鹰（张子健 饰）在命悬一线之际得到了姗姗来迟的步鹰的拯救，死里逃生。步鹰收养了燕双鹰，不仅将他视为自己的孩子，还收了他做徒弟，将毕生的武功传授给他，希望他有朝一日能为自己的父亲和家人们报仇。 燕双鹰继承了父亲正直坚韧的性格，十分擅长习武，在步鹰的调教之下，他的武艺日渐精湛。但与此同时，燕双鹰发现步鹰的真面目并非表现出来的那副正人君子的样子，他私底下和地下党、国民党以及日本人暗通曲款，从中牟利，为了赚钱，甚至不惜想要牺牲燕双鹰的性命。
