故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系再次跌落到了冰点。 古斯塔沃死了，但沃尔特的野心并没有消失，他联手杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）与麦克（乔纳森·班克斯 Jonathan Banks 饰），开始建立属于他的新的帝国。一次偶然中，汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）在沃尔特家中发现了沃尔特就是海森堡的确凿证据，巨大的打击之下，他决心大义灭亲，昔日的连襟，如今沦为对手。与此同时，一股新的势力正在毒品圈内逐渐壮大，他们即将成为汉克最强大的敌人。
魔法师马雷（马文忠 饰）想要搅乱时光轮盘的运转，毁灭地球，却在千钧一发之际受到了一位神秘时光卫士的阻挠，尽管马雷的阴谋暂时没有得逞，但地球依旧运转在危机的阴影之下。 为了保卫世界的和平，傻妞（舒畅 饰）找到了男孩陆冬雨（曹骏 饰），将他带回现代，只有他才能够阻止马雷的阴谋，而巧合的是，陆冬雨一直在寻找的母亲正是那名神秘的时光卫士。谁知道马雷知晓了傻妞的计划，偷偷尾随，想要借他们两人之手找到时光卫士将其杀死，与此同时，陆冬雨的父亲陆小千（李滨 饰）亦被卷入了这场纷争之中，他必须在时限之内恢复傻妞被破坏的系统，才能真正阻止马雷的阴谋。
关于四灵仙尊花如月（白鹿 饰）和大成玄尊白九思（曾舜晞 饰）之间的夫妻战争。她究竟是消失的爱人还是另有所图，他究竟是爱她还是要将她绞杀，且看。
故事发生在民国初期，廖思成（刘小锋 饰）和方天翼（张若昀 饰）是富商顾汉森收养的义子，两人和顾汉森的亲生女儿顾婷（吴婷 饰）一同长大，彼此之间情谊十分深厚。从黄埔军校毕业之后，廖思成前往日本深造，在此期间，他邂逅了美丽的日本女子大岛由美（章雯淇 饰），两人相知相恋，无奈九一八事变爆发，廖思成告别了爱人，回到了祖国。 那一边，勇敢聪慧的方天翼深受戴笠（吴秀波 饰）的喜爱和信赖，戴笠赋予了他“黑狐”的代号，隐藏在此假面之下，方天翼在顾婷和同僚俞梅（李曼 饰）的帮助下，同日本人和汉奸斗智斗勇，可实际上，俞梅和廖思成一样，是隶属于中国共产党的地下党员。
