该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
第二季末，华生预备搬离褐石居。本季，华生将会有一位新男友，而福尔摩斯也会有一位新助手。故事将开始于上一季的一年之后，福尔摩斯在英国为MI6服务了一年之后，携新助手回到纽约。他将如何处理他与华生之间的关系？华生的恋爱生活又会如何发展？新人新气象，老友又聚首，2014年10月30日，且看褐石居侦探二人组能否结束分居生活，顺利“复婚”。传世名著又新生，且看编剧如何解局。
阿宽（胡宇威 饰）、李静（苑新雨 饰）和沙虫（是元介 饰）是从小玩到大的青梅竹马的玩伴，三人彼此之间感情十分坚实。一次偶然中，阿宽邂逅了名为小青（吴映洁 饰）的女孩，与此同时，李静亦发现自己对阿宽的友情渐渐转化成为了爱情，阿宽夹在两个女人之中无法做出选择，最终，李静和小青都选择了离开。 之后，阿宽和沙虫一起经营着民宿，度过了许许多多个寂寞的夜晚。某日，李静和小青同时回到了金门，三人重新聚到了一起，曾经已经黯淡的过往死灰复燃。阿宽和小青之间的误会解除了，两人的感情甚至比曾经更加亲密，可李静却也下定了决心，要争取这份感情。
段天涯（李亚鹏 饰），归海一刀（霍建华 饰），上官海棠（叶璇 饰），成是非（郭晋安 饰）是护龙山庄的四大密探，各自有着江湖众人无法匹及的绝技，效命于神侯朱无视（刘松仁 饰）。此时因正德皇帝(邓超 饰)痴傻，政局混乱，东厂趁乱把持朝政，迫害忠良。权倾朝野的东厂太监总管曹正淳(李建义 饰)更是仗势欺人，处处与护龙山庄为敌。正在四人深陷于儿女情长和身世经历之时，当前形势急剧恶化，一件又一件命案直指护龙山庄，无形的阴谋笼罩着护龙山庄，神侯更是因为被奸人诬陷锒铛入狱。而神侯此时趁机设局假死，在四大密探联手合作下将曹正淳一伙连根除去。原本以为阴谋就此结束的四人此时却发现，原来皇帝的痴傻实为伪装，而身边最大的阴谋家正是养育他们长大，却窥探皇位二十多年的神侯！
