从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
由于委托很少,毛利侦探事务所门可罗雀,小兰不得不精打细算,小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日,小五郎收到一件神秘包裹,却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时,一通神秘电话打入事务所,柯南接听,却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心,而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似,于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去,终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓,得知警方已经先行到达,不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何?
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗?浮云楼仙境银行里有什么秘密?被困在镜中世界的金王子,齐娜、菲灵、莫纱、荒石,又会如何呢?火领主自由了吗?辛灵仙子会复活吗?又会发生什么新的奇遇呢?黑衣人到底是谁?女王的真实目的是什么?灵公主为什么囚禁火领主?人类世界会和平吗?