小和尚一休生活在日本幕府时代，他勤奋好学，热心助人。一休由于天资聪颖、爱动脑筋，经常能将人们日常生活无法解决的问题聪明化解，于是英名远播。由于一休名声在外，经常就有一些需要帮助或者故意想刁难他的人会找上门来。热心的一休总是来者不拒，只要有问题相求，他总是会开动他聪明的脑筋解决问题。因此，无论是将军，桔梗店老板还是新右卫门先生总是难不到聪明的一休。一休解决问题，不仅让坏人们得到了应有的惩治，而且还会教会你很多生活中的窍门。
天净沙命令五败之伤帮他进入了魅谷，在心中解释“与其回到玖宫岭，倒不如去昧谷破坏传送门，这样既可以阻止零的继续侵入，还可以让假叶和霸零不能顺利退出玖宫岭。”……这边的胄已经离开试炼场地，情况有些逆转，还好有子言等人……褪忆林的情况还很乐观，但是学生宿舍那里，山鬼谣居然来到了？！而弋痕夕老师那边，碧婷和游不动受伤了，在弋痕夕老师为两人疗伤时，出现是谁？辗迟那边，辗迟被胄骗到了心境的另一边，胄开始吸取辗迟的零力……
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
