电影《保持沉默》讲述了著名歌星万文芳在密闭的化妆间遇刺,当时在场的只有吉米托马斯(孙睿饰)一个人。端木兰律师(周迅饰)作为吉米的辩护律师,准备为他做无罪辩护,因而在法庭上与该案的检控官吴正为(吴镇宇饰),展开了激烈的争辩,真相在一层层地被揭开。此时又有知情人称,嫌疑人吉米托马斯正是万文芳曾经遗弃的私生子,这个爆料也让案件的性质变成了“弑母”大案。随着本案的关键证人,万文芳的制作人田景程(祖峰饰)的介入,真相愈加扑朔迷离。
身为警察的秦枫和一步步成为汉洲当地最大犯罪头目的刘天也,情同手足却又代表着黑白两极,以龙湾村附近汉洲港开发为大背景,秦枫破案为契机,逐渐搅动起几方利益集团的明争暗斗。经过数年间与当地犯罪分子斗智斗勇,最终将多起案件逐一告破的故事。