為了與犯罪組織古萊姆(クライム)對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊,最後他找到接受手術的四人,分別是:櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木(カレン水木)及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦,與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人,把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1(ビッグワン),令戰況更加白熱化。
故事的舞台设定在未来的日本,为了解决少子化的问题,政府禁止了自由恋爱,改为由政府全面接管的状态。每一个青少年长到16岁,便会由政府分配一名伴侣作为恋爱的对象,这是经过了精密的计算所匹配出的最佳人选。根岛由佳吏(逢坂良太 配音)是一名十五岁的少年,无论是性格还是样貌都非常普通的他内心隐藏了一个秘密,那就是他从小学期就默默的喜欢着名叫高崎美咲(花泽香菜 配音)的少女,然而,这份爱恋在这个扭曲的社会里却是违法的。 真田莉莉奈(牧野由衣 配音)是政府分配给根岛由佳吏的完美女友,然而,当她得知了根岛和美咲之间的感情后,决定帮他们隐瞒秘密,全力的支持这份美好而又纯洁的恋情。
水门都市普利斯特拉一战中,昴一行艰难取得了胜利,但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能,蕾姆陷入沉睡,库珥修失去了记忆,而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中,昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽,以及超乎想象的威胁,重重险阻横亘在前。为了与同伴一起,夺回失去的一切,少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——