“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
江浩一（沈达威 配音）是一个其貌不扬个性普通的平凡高中生，然而，这样的他却在某一天里成为了校园内诸多女生争相爱慕的对象，就连身处事件漩涡中心的江浩一都搞不懂究竟发生了什么。在校方正要对江浩一兴师问罪之际，时间停止了，爱神从天而降。 爱神告诉江浩一，造成这一切混乱的原因，在于江浩一在误打误撞之中将被施了爱情魔法的巧克力分给了女生们，魔法使得女生们对江浩一产生了恋爱的错觉。要解决这个麻烦，江浩一必须一一帮助这些中了魔法的女生们实现她们心中真正的愿望，这对于性格有些内向的江浩一来说，可不是一件轻松的活计。
屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。
