北灵境在百灵大陆中偏安一隅，并不出名。境中九域并立，纷争不断，其中以柳家为首的柳域实力最强，牧家为首的牧域和唐家为首的唐域次之。牧尘是牧域域主之子，天资过人，曾获得五大院灵路历练的资格，却因在灵路中与洛神族的公主洛璃成为恋人，遭受其他竞争对手的陷害，最后导致自身被逐出灵路，丧失进入五大院的机会。牧尘与洛璃分别之际，许下了相会五大院的承诺。他进入北灵院东院潜心修炼，准备通过灵院内的正式选拔进入五大院，完成与洛璃的承诺。
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
