在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的,是一位青年,其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身!」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build,阻挡在Smash的面前!
主人公是在学校没有立足之地,把自己关在家里的中学生·Kokoro,有一天,房间里的镜子突然发光了,Kokoro像被吸入了一样穿过镜子,发现前方有一座像城堡一样的不可思议的建筑物,里面聚集着和Kokoro有着相似遭遇的7个人。城堡里隐藏着秘密的钥匙,找到了那个钥匙的人,什么愿望都能实现。