自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。 一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。 赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。 经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。 在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。 宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。
