时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
生徒たちからは、機嫌を損ねたら呪われる「こわこわ先生」と恐れられている新米教師の鶸村(ひわむら)ひより先生。……しかし、本当は体力0、声もヒョロヒョロ、あらゆるステータスが最弱なだけの「よわよわ先生」だった！鶸村先生の秘密を偶然知った担当クラスの阿比倉(あびくら)くんは、不器用な先生の頑張りが報われるよう、彼女に協力して生徒の誤解を解こうと決意。ドキドキで刺激的なトラブルに巻き込まれながら、大好きな鶸村先生をサポートしていく！よわよわで、かわいい先生との、ちょっぴり刺激的なラブコメディ、開幕!!
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
時は仮想19世紀末。 悲劇を嘆く弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで作られるAKUMAは、殺戮を繰り返すだけの殺人兵器となり、 さらなる恐怖と悲劇を生み続けることで進化していく。AKUMAを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵率いる「ノアの一族」。 そのAKUMAを破壊できる唯一の存在が「黒の教団」率いるエクソシストたち。 はるか昔から続く両者の戦いは、何者かに筋書きされた「裏」の真実があった…。
