全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
物語は新たなステージへ──『POP IN ２』のリリースから半年。ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。一方で、かなは以前の明るさを失っていた。そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。────嘘を、武器にして。
（僧侣档） 请和我以生孩子为前提结婚吧！参加相亲派对的大河在会场邂逅了渴望孩子的医生绚乃，并与她一拍即合。但就在这对情侣即将修成正果的关键时刻，大河想起曾因 ED 被甩的往事，落荒而逃，后来去治疗 ED 时，主治医生竟然是绚乃！？而且，大河的那个东西只对她展现出活力十足的反应——这是关于两人缔结“奉子成婚的秘密契约”后发生的故事。
神王之子秦书身为神子，却天生凡体凡命，受尽天道界众人部夷厌弃甚至要被夺去神子身份，贬入凡间。直到他与主角相遇融为一体，开启万界签到系统，于混沌天绝云峰开启永动丹田。随后从神道界最底层走起，与修罗战、与鬼神斗、与武帝争，靠一己之力，斩尽神佛，独闯九九八十一重天顶，满天诸神都不能挡其路，以一介凡体走上神道之巅。最后从众多神子的生死决斗之中脱颖而出，独战九大帝子，破混元天尊夺取神道界的惊天密谋，成就新一代大帝。
胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
