《金龟子》动画大电影从一个乐天派的昆虫——金龟子的冒险旅程展开讲述，它生活在一所珍稀昆虫研究中心“人造丛林”的虫箱里，过着简单快乐的生活。直到有一天，一只外来的蜻蜓水哥打破了这份平静……水哥向金龟子描述了虫箱外的世界，金龟子心向往之，它决定挣脱虫箱的束缚。但是虫箱外的世界真的像金龟子和朋友们想象得那般美好吗？传说中的“黄金大峡谷”真的存在吗？在那个崭新而又充满未知的世界里，金龟子和它的朋友们会历经怎样的一番奇遇呢？一段惊险又有趣的冒险旅程就此开始了！
故事发生在私立碧阳学园之中，这里的学生会成员，是凭借着学生们在学校的人气而选出的，这也就意味着，能够进入学生会的，都是在校园中超级受欢迎的美少女！杉崎键（近藤隆 配音）凭借着自己的努力和毅力最终当选了学生会副会长的职位，亦成为了学生会中唯一的一名男生，而他拼尽全力也要杀入学生会的理由，就是想让学生会的所有女生们都成为他的后宫。 娇小可爱的樱野栗梦（本多真梨子 配音）、成熟稳重的红叶知弦（美名 配音）、活力满满擅长运动的椎名深夏（富樫美铃 配音）、温文尔雅娇弱可怜的椎名真冬（野水伊织 配音），在这些女孩子们中间，杉崎键的日常会是怎样的面貌呢？
怀抱悔恨与自暴自弃的及川紫纹，为寻找人生终点而四处漂泊。最终他抵达了名为"尽果"的断崖之地，走进伫立在此的"玛古达拉屋"小餐馆。当店主玛丽亚端出热气腾腾的套餐后，因料理过于美味，紫纹不知不觉间已添了第二碗饭... 此后他暂时留在餐馆工作。在与玛丽亚、女掌柜怜子、渔夫克夫、以及同样追寻死亡之地的青年丸弧等人相遇的过程中，紫纹逐渐重拾生存的勇气。某日，玛丽亚突然从"尽果"消失... 原来这位始终带着笑容从容经营餐馆的女子，竟背负着惊人的秘密。
