在一个名叫企鹅村的所在，生活着一群脑筋秀逗但无比快乐的人，他们热衷做一些无厘头且看起来很傻的事，浑然不觉而乐此不疲。村中还生活这一个绝顶聪明的男人，名叫则卷千兵卫。某天，博士发明了名叫阿拉蕾的机器人，阿拉蕾天真无邪，力大无穷，时不时会把地球劈成两半，把企鹅村闹得天翻地覆。随着阿卡的到来，具有超强破坏力的组合更让博士胆战心惊，头疼不已。此外，傻瓜超人，外星大魔王也给企鹅村的各位带来别样的体验与乐趣。阿拉蕾，快乐的小女孩和她的朋友们为世人奉上了无限难忘的回忆。 本片根据漫画家鸟山明的同名原著改编。
不久的未来，人类的世界早已拥挤不堪，迈向星河、寻找新家园的行动迫在眉捷。正当一切有条不紊的推进之时，月相异动，脚下的大地爆发了长达数十年、剧烈的地质变化，人类在这场浩劫中所剩无几。当天地逐渐恢复平静，人们从废墟和深渊中重新踏上了这片熟悉而又陌生的大地。习惯了主宰一切的我们是否还是这个世界的主人？
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
