「让我们互相帮助，努力成为完美的小市民吧。」n过去因为进行称为「侦探」的推理活动，经历痛苦回忆的小鸠，下定决心要当一个低调不起眼的小市民。n他与志同道合的同学小佐内私底下结成「互惠关系」，打算在高中营造小市民的形象，度过安稳的生活，n但是不知为何，神秘的事件和灾难总是接二连三降临到他们的校园生活中。n小鸠和小佐内真的能作为小市民过上安稳的生活吗？
第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。
万众瞩目的盛世婚礼却成新娘云望舒一族的灭门血宴。宗门覆灭、亲族尽屠，皆因一场精心布下的阴谋。而她心脉俱毁，浴血而逃，生死边缘与神秘势力“罗异阁”达成换心之契。蛰伏六十载，昔日年少天骄，今成血衣罗刹，以“曦和”之名，她云望舒誓要以仇敌之命，血祭宗门冤魂！
