机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉(保志总一朗 配音)、阿斯兰(石田彰 配音)等人外,还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂,冲突加剧,战争升级。 C.E.70年2月,“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗,伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月,地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟(铃村健一 配音)在一瞬间失去了自己全部的亲人,而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小,让他这个无忧无虑的平凡少年,决定加入ZAFT。加入ZAFT,飞鸟遇到了许多挫折和坎坷,也看到了人性的残忍和无奈,最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢?
热爱冒险的14岁少年翔锋,在一次野外探险的时候闯入了外星侵略者和地球联合军的战场,在躲避攻击的过程中跌入神秘山洞,遇到一个被水晶封印的神秘少女,并意外触发洞中的远古遗迹机关唤醒了沉睡的少女灵心,被吸进入异空间的翔锋获得了凝聚星球意志的星魂之石和召唤咒语。回到现实的他遭到机兽的追杀。在危急时刻星魂之石发生共鸣,翔锋念出咒语唤醒星球的意志,意志能量附着在一辆废弃的跑车上,变形成为红色的机器人——烈空焰,轻松击退了外星机兽。烈空焰是为了守护星球而诞生的6个星魂战士的其中一个,它的主人就是唤醒它的少年翔锋。从此翔锋肩负起守护地球的艰巨责任,他和烈空焰一边寻找唤醒其它的星魂战士,一边和外星侵略者派出的各种敌人展开激烈战斗……
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙,却不慎破坏了神官们的金殿,无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中,谢怜结识了两位来帮助他的小神官,并认识了诡王花城,四人一同解决了一件件诡谲的事件,并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。