在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。n而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。n而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。
