某一天，地球上出现了不明来由的RR病毒，将世界卷入灾难之中。受到感染的动物变异成为可怕的怪兽，大举入侵，人类面临毁灭之际筑起了围墙，成立基地市作为人类最后的堡垒。人类在这一段时间经历的磨难，被称为“大涅槃时期”。在极端的生存环境下，人类的体能也在逐渐地进步发展，尚武之风兴起，人类的身体素质相比以前有了质的飞越。而这其中的佼佼者，被称为“武者”。 18岁的罗峰也梦想着成为其中的一员。此时的他即将高考，正面临着人生十字路口的抉择，却不料怪兽的一次袭击影响了他的人生轨迹。在强大怪兽的威胁之下，市内居民面临危险，军方却束手无策。唯有一名武者挺身而出，保卫了基地市的安全。罗峰被武者的强大所感染，暗自立下成为武者以保护所爱之人的决心。这是一切的开始，罗峰武者之路的起点，也拉开了他传奇人生的序幕。 罗峰立志成为武者，前路却并不平坦，他首先要面对的便是外部环境无形中对他施加的影响。罗峰家庭条件不佳，生活拮据，父母无法给予他更多帮助，只能依靠自己的努力。最终，在不断的艰苦磨砺下，罗峰不断发掘自身潜能，得到了能力提升和自我价值的认可。不仅如此，罗峰不仅扛起了供养家庭的重担，还为了守护人类家园、为了人类更好的生存与发展，与其他正义的武者们一起，联手对付凶恶怪兽。在末日绝境之下，罗峰与其他武者们能否击退怪兽、成功守护人类世界？
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的，就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜，逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界，却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术，让舒言重新生长，叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱，就步入了女王精心准备的陷阱，她们被女王分别封入了镜空间。
