自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
过度认真的风纪委员樱大门每日的工作就是,负责开关校门与监督同学们的服装仪容。而他每次都会特别警告的问题学生,就是顶着染过的头发,又穿着迷你裙的小日向。本来很讨厌总是纠正自己的樱大门的小日向,意外地发现樱大门其实是个脑袋僵硬的可爱木头。不只如此,这个学校的委员会成员们个个都问题很大?风波趣事不断的校园生活热闹开演!
正邪不能两立,光明与黑暗永远敌对。远古时期,正义的魔弹战士们为了世界的和平,早已开始和邪恶的魔物对抗,在双方实力平分秋色之下,魔弹战士失去了能量,而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。那个邪恶的卵经过了几个世纪仍旧孕酿着复仇的杀机,新一代的魔弹战士将继承先人的遗志,继续为人类的和平奋斗。