人类长期以来隐藏在墙壁中的巨大秘密是——
虽然调查兵团离真相更近了一步，但由于当时的王政，被冠以了反叛者的污名。
但是，人类不仅仅是被饲养的家畜。
艾尔文·史密斯追求真相的的执念打动了宪兵团的高层，最终爆发了针对现行体制的政变。
一直欺骗民众的虚伪之王被废，继承了真正王室血统的希丝特莉亚·雷斯即位。在亲自讨伐巨人的勇敢女王的带领下，人类迎来了新的时代。
艾伦·耶格尔获得了硬质化能力和由此诞生的新型对巨人兵器。
稳步而顺利地进行反抗准备的人类，为了心中的夙愿，毅然实行了夺回玛利亚之墙的作战。
这是人类和巨人赌上彼此生存的终极之战。在那之前，艾伦、人类到底能得到什么呢？
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。 然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……
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