主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。
十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。 十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”，而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天，士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是，七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知，十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的，为了避免悲剧再次发生，他与自己的“英灵”Sabar一起，投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。
灾变纪元，人类靠机甲对抗噬铁兽，机械亲和度决定一切。林风因F级亲和度被血狼战队抛弃，濒死时意外激活机械神豪系统，从此逆袭。他坐拥S级机甲军团，开起风暴维修站，以超导电池、定制机甲等黑科技横扫末世，不仅赚得海量晶源，更凭实力碾压昔日仇敌雷烈兄弟。面对兽潮危机与各方势力觊觎，林风一边升级系统、打造深渊级机甲，一边守护文明火种，从被唾弃的废柴，一步步成为掌控末世机甲帝国的绝对王者。
