沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
存在感薄弱的高中生织田晶，有一天突然和同班同学一起被召唤到了异世界。全班人因召唤都被赋予了开挂能力，晶也如奇幻小说的标准剧情一般获得了暗杀者的力量——到此为止都还是在预料之内的，然而问题是身为区区暗杀者的晶的属性数值居然轻松就凌驾于作为同班同学的勇者之上？！而且以暗杀者技能发现了主导异世界召唤的国王的阴谋的晶，被安上了冤罪。逃亡到的地点是前人未至的迷宫深层。发誓要向国王复仇的晶为了寻求更强的力量而突进迷宫，并与精灵族神子艾蜜莉亚相遇——。暗杀者少年与神子少女一同成为最强的异世界奇幻故事，开幕！
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
在被小丑又一次充当替罪羊后，被蝙蝠侠（戴德里克·巴德 Diedrich Bader 配音）抓进了阿卡姆疯人院的哈莉奎茵（凯莉·库柯 Kaley Cuoco 配音）终于在毒藤女（蕾克·贝尔 Lake Bell 饰）的帮助之下认清了小丑的薄情与无情。两人越狱之后，哈莉奎茵和小丑分手了，之后她搬进了毒藤女的家中，两人开始了同居生活。 虽然已经分手，但小丑带给哈莉奎茵的影响却是十分巨大的，哈莉奎茵无时不刻想要在小丑面前证明自己的实力，最好的方式就是加入小丑所在的组织毁灭军团。为了加入毁灭军团，哈莉奎茵需要队友，很快，鲨鱼王、泥脸和神经博士三人就出现在了哈莉奎茵的视野中。
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故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
