前世叶云飞天资过人，但体内武脉突然关闭，无法练武，遭遇了家族内部的奚落，未婚妻的私通背叛，各家族的围剿，让少年叶云飞众叛亲离，好友被欺凌、挚爱伤心离开、父亲惨烈战死。好在云游路过的紫圣真君将他收入门下，叶云天成长为有史以来最年轻的天帝，却在渡劫时遭遇偷袭，重生回一切转折 发生的武脉尽失之时，却也是热血少年时代。再次遇到旧日的亲人、好友、恋人，面对熟悉的一切，一代天帝叶云飞选择重新开始。体内尚存一缕天帝之魂，让前生记忆得以完好保存。内有名位之争，外有家族矿脉荣辱之责，举目帝国天骄聚集，四大宗派各为其势，天玄大陆豪杰并起，叶云飞熟谙这世界强者为尊的规则。在千年天帝记忆的帮助下，叶云飞的武功进步惊人，在武道世界之中不断成长，并带领家族、师门快速壮大。安定时日未几，外来侵略者铁蹄来犯，叶云飞率众奋起反抗，保卫家园生生不息。为了追求更高层次的武道之路，叶...
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
