故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
もう『器用貧乏』なんて言わせない！いつか『万能者』と言われる探索者になってやる！ある日のこと……所属している「勇者パーティ」のリーダーであり、幼なじみのオリヴァーから実力不足を理由に追放を言い渡されたオルン・ドゥーラ。パーティのために【剣士】から【付与術士】へとコンバートし、独自に開発した魔術で仲間をサポートしてきたオルンにとっては到底、納得のいくものではなかった。しかし、苦楽を共にしてきたはずの仲間からも『器用貧乏』だとバカにされ、すでに後任者も決まっているという。失意のなか、「勇者パーティ」に別れを告げたオルンは探索者としての決意を新たに、ソロ活動を始めるのだが……。抜け落ちた記憶…理不尽さへと立ち向かう力…新たなる出会いの数々が、オルンの運命を大きく変える。大切な仲間を護るため究極の『器用貧乏』は、最強の『万能者...
